Некоторые инфузории обитают в кишечнике крупных травоядных копытных животных. У коров, овец, коз, антилоп, оленей инфузории в огромных количествах населяют передние отделы желудка. Эти инфузории питаются бактериями, зернами крахмала, грибками, частичками растительных тканей. Более крупные инфузории пожирают более мелких. В других отделах желудка травоядных животных инфузории перевариваются. Таким образом, эти инфузории приносят пользу тем животным, в чьих желудках они обитают. Заражение инфузориями происходит в момент группового кормления или водопоя.
Среди инфузорий встречаются паразиты. В толстых кишках человека изредка встречается инфузория болантидий. У человека она может вызывать тяжелые, напоминающие дизентерию расстройства.